El principal recurso hidrológico de Pizarra es el rio Guadalhorce, el rio más largo y caudaloso de la provincia de Málaga. Nace en el Puerto de Alazores, justo en el límite entre las provincias malagueña y granadina, y desemboca en el Mar Mediterráneo, junto a la capital de la Costa del Sol. Atraviesa los términos municipales de Villanueva del Trabuco, Villanueva del Rosario, Archidona, Antequera, Alhaurin el Grande, Alhaurin de la Torre, Almogia, Álora, Cártama, Coin, Pizarra, Valle de Abdalajis y Málaga.

A su paso por Pizarra, este se puede dividir en 8 subcuencas, a su vez estas, se encuentran repartidas en dos vertientes. En la vertiente oriental, localizamos: Arroyo Corrales, Arroyo Mijarra, Arroyo Ahumada, Arroyo del Búho y Arroyo del Comendador. En la vertiente occidental nos encontraríamos con los Arroyos de Casarabonela, de Acuña y el de Las Cañas.

Las aguas del río Guadalhorce son vertidas en nuestra vega, regando las huertas repletas de cítricos.

Mención especial también a las aves que viven o pasan parte del año en nuestro río y arroyos. Afortunadamente, dichas poblaciones están en crecimiento.

En cuanto a su vegetación, el río Guadalhorce y sus principales arroyos aun conservan un bosque de rivera autóctono. Siendo las especies existentes los álamos blancos, los chopos, tarajes, olmos, fresnos, adelfas, juncos, aneas y cañas.

Nuestra localidad se caracteriza por el continuo y marcado contraste de vegetación, cultivos, topografía e incluso arquitectura entre cada uno de sus diferentes partidos rurales.

Destacamos también que en el término municipal no existen embalses ni centrales hidroeléctricas, tan solo nos encontramos con determinados depósitos designados para regar los cultivos cercanos.